Sus puertas permanecen abiertas de martes a sábado de 10.00 a 14.00 y de 16.00 a 19.00 horas, teniendo únicamente horario de mañana los domingos y festivos y durante el verano.
La colección de Bellas Artes es la más antigua del museo, formada por los bienes desamortizados a la iglesia a partir de 1835. Su origen marca la temática de las obras, la mayoría de carácter religioso.Los depósitos, donaciones y compras realizados completan una colección de más de 200 obras, entre pinturas, esculturas y mobiliario antiguo, cubriendo un espectro cronológico que va desde el siglo XV al XXI.
Mientras, la sección de Arqueología reúne todos los objetos procedentes de las prospecciones y excavaciones arqueológicas realizadas en la provincia. La sección de Etnografía recoge los objetos relacionados con el arte y las costumbres populares de la provincia de Guadalajara. La sección se formó en una serie de campañas de recogida a lo largo de la provincia que permitieron constituir una amplia colección demostrativa de las formas de vida y actividades tradicionales (artesanía, apicultura, ganadería, etc.), a la que se añadieron los fondos de la Sección Femenina.
Tránsitos
Fue en el año 2007 cuando se inauguró la exposición permanente Tránsitos, con los objetos más relevantes de las colecciones de Bellas Artes, Arqueología y Etnografía del museo, configurando un discurso unitario de carácter antropológico, un recorrido en torno a las ideas de la vida, la muerte y la religiosidad en las culturas que se han sucedido en el territorio que ocupa la provincia de Guadalajara desde el Paleolítico hasta el siglo XX.
Está dividida en cuatro áreas y diferentes secciones: La vida: Caza, pesca y recolección. Agricultura y ganadería. La artesanía. Los juegos y juguetes. Riqueza y poder. La muerte: Ritos de enterramiento. La Guerra. Espacios y objetos sagrados. El cielo en la tierra.
Por otro lado, el Museo Provincial de Guadalajara también acoge exposiciones temporales, celebradas en dos espacios expositivos distintos: las Salas del Duque y la Sala Azul, área para exposiciones más reducidas. Además, habitualmente se realizan visitas y talleres didácticos para escolares.
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